在進行動物實驗前，常常需要對動物進行分組，那么就要將動物實施標記，使各組加以區(qū)別。為了觀察每個動物的反應細節(jié)，必須對其進行編號、標記。因為實驗動物來自同一品系，其生物也無法順利進行。
因此，選擇良好的標記方法應保證號碼的清晰度、識別的便利性以及標記的持久性。此外，應選擇對動物無害，操作簡單且長時間能夠識別的方法長時間能夠識別的方法。針對實驗動物品種、實驗目的及實驗方法，選用最適合的標記編號方法。
1、掛牌或耳標法
將號碼烙印在圓形或方形金屬牌（推薦材質為鋁或不銹鋼，以確保長期使用不生銹），或者將號碼烙在栓在動物頸部皮帶上，再將頸圈固定在動物頸部。該方法主要針對大型動物如狗等的實驗標記中。耳標法作為一種補充手段，可通過耳標鉗將耳標打在動物耳朵上。
但掛牌或耳標有缺點，可能使動物感到不適，會用前爪搔抓號牌而使耳等部位損傷。在選用材質上要確保不會對動物造成刺激或過敏反應，并且尺寸適中。
2、烙印法
在烙印前，用消毒酒精的棉球擦拭動物的耳朵，用刺數(shù)鉗（又稱耳號鉗）在耳朵上刺出號碼。完成烙印后，立即使用棉球蘸取適量溶解在食醋中的黑色墨水，涂抹烙印部位，保證號碼清晰持久。
此方法適用于耳朵相對較大動物種類，如兔子、狗等。
3、剪腳趾法 剪腳趾是一種常用標記方法，對動物影響很小。特別是當剪下的腳趾組織需用于基因檢測時，推薦剪趾法。操作剪取的鼠爪量為鼠爪趾尖組織1至2毫米，約整個腳趾前端的1/3，相當于人手指的第一指節(jié)長度，最大限度地減少對小鼠運動能力的影響。避免剪去太多腳趾，容易失血過多引發(fā)健康問題，影響實驗結果。剪去的一部分腳趾可漸漸長合，因此，不是太好分辨。 為了更系統(tǒng)地進行標記，我們可以采用左右前肢或后肢腳趾的不同排列組合來代表不同的數(shù)字。通常，從左至右，第一趾代表1號，第二趾代表2號，同時剪去前一、二趾則為3號，第三趾為4號，前三趾同時剪去為5號，第一、三趾同時剪去為6號，第四趾單獨剪去為7號，第一、四趾同時剪去為8號，第二、四趾同時剪去為9號。右腳表示個位，左腳表示十位。
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4、打孔或剪缺法 針對兔、犬、豬等體毛顏色較深、不易著色的實驗動物進行長期實驗時，可采用打孔或剪缺法標記。 對于打孔法，在動物左耳或右耳的一定位置打一小孔來表示號碼。對于剪缺口法，應在剪后用滑石粉捻一下，以免愈合后看不出來。該法可以編至1～9999號，原則是：左耳代表十位，右耳代表個位。
5、涂染法 涂染法是一種最常用、最易掌握的經濟方法，通過在動物身體的顯著部位（如被毛、四肢等）應用染料或化學劑來區(qū)分各組動物。根據(jù)實驗分組編號的需要，可用一種化學藥品涂染實驗動物背部被毛即可，如果動物較多，可選擇兩種染料。 該方法對于實驗周期較短的研究較為適用，但時間長了，染料可能會褪掉。另外，對于哺乳期的幼畜，涂染法不合適，因為母畜容易咬死子畜或把染料舔掉。
